El agua de la piscina debe recibir dos tipos de tratamientos. Uno bacteriológico ya que un agua con aspecto claro y limpio también puede contener bacterias patógenas; la filtración más eficaz no eliminará todos los riesgos. La desinfección permanente del agua es necesaria y tiene dos finalidades:
- Destruir los virus, bacterias, parásitos, etc. y eliminar los riesgos de contaminación.
- Impedir el crecimiento de algas y mantenerla limpia.
Para realizar este tipo de tratamiento utilizaremos los desinfectantes. Estos se pueden clasificar por dos grandes grupos Clorados o No-clorados.

Por otra parte deberemos realizar un tratamiento químico para corregir unos aspectos de estabilidad del agua, que de no ser solucionados pueden mermar la calidad y la estabilidad del agua y ser causa de numerosos problemas.