L'aigua de la piscina deu rebre dos tipus de tractaments. Un bacteriològic ja que un aigua amb aspecte clar i net també pot contenir bacteris patògens; la filtració més eficaç no eliminarà tots els riscos. La desinfecció permanent de l'aigua és necessària i té dues finalitats:
- Destruir els virus, bacteris, paràsits, etc. i eliminar els riscos de contaminació.
- Impedir el creixement d'algues i mantenir-la neta.
Per a realitzar aquest tipus de tractament utilitzarem els desinfectants. Aquests es poden classificar per dos grans grups Clorats o No-clorats.

Per altra banda deurem realitzar un tractament químic per a corregir uns aspectes d'estabilitat de l'aigua, que de no ser solucionats poden minvar la qualitat i l'estabilitat de l'aigua i ser causa de nombrosos problemes.